En juillet 1940, après les spectaculaires succès de l’Allemagne et l’occupation d’une grande partie de l’Europe, Churchill décide d’organiser la résistance. Il crée ainsi une organisation secrète destinée à favoriser la création de mouvements de résistance afin de «mettre le feu à l’Europe»: le Special Operations Executive (SOE). Le SOE est une structure distincte qui emprunte certaines de ses composantes aux Services de renseignements extérieurs du Royaume-Uni (Secret Intelligence Service ou MI-6) et militaires. Afin d’en garder le contrôle exclusif, Churchill place le SOE sous la direction du ministère de l’Economie – qui lui est alors directement subordonné – le soustrayant ainsi à la chaîne de commandement militaire. C’est pourquoi le SOE, souvent surnommé «Ministère de la guerre incorrecte» (Ministry of ungentlemanly warfare) dans la littérature, est également appelé «Armée secrète de Churchill». La fonction du SOE est d’appuyer la formation et les opérations des mouvements de résistance en Europe occupée. C’est une organisation clandestine qui utilise de nombreux civils sans connaissance militaire particulière. De très nombreuses femmes s’y distingueront par leur bravoure et leur détermination en menant des opérations de sabotage et d’espionnage en zone occupée. Le matériel utilisé par les agents du SOE est souvent créé spécialement pour certaines missions. Alliant imagination et fantaisie, les inventeurs de ces équipements sont à l’origine du personnage de «Q» dans les films de James Bond.

En 1942, alors qu’ils entrent en guerre contre le Japon et l’Allemagne, les Etats-Unis n’ont pas de structure de combat clandestine. Le gouvernement décide alors de suivre l’exemple britannique et de créer une force capable d’opérer sur les arrières ennemis: l’Office of Strategic Services (OSS). Dès novembre 1942, les opérations de l’OSS en Europe sont dirigées par Allen Dulles depuis Berne. Jusqu’à la fin de la guerre, l’OSS travaillera en collaboration avec le Service de renseignement militaire suisse. L’une de leurs opérations les plus spectaculaires est la négociation secrète avec les forces allemandes en Italie afin d’obtenir leur reddition. Alors que les Britanniques avaient fait du SOE une structure clandestine indépendante, les Américains voyaient l’OSS comme un organe des forces armées. Contrairement à l’imagerie populaire, les agents de l’OSS combattaient le plus souvent en uniforme, afin de bénéficier du statut de prisonnier de guerre en cas de capture et d’éviter le sort des espions. Leur équipement s’apparente davantage à celui des forces spéciales de nos jours. En 1946, le SOE et l’OSS sont démantelés. La partie opérationnelle de l’OSS donnera naissance au commandement américain des opérations spéciales (USSOCOM), tandis que ses unités d’analyse constitueront le noyau de la CIA, créée en 1947. Encore aujourd’hui, l’USSOCOM est l’organe de mise en oeuvre d’une grande partie des missions opérationnelles de la CIA.