Dès le début, l’affaire Hayat était controversée. Le témoin vedette du gouvernement, Nassim Khan, était un employé de fast-food payé 7 dollars de l’heure avant que le FBI ne l’engage en tant qu’informateur et ne lui verse quelque 230’000 dollars en trois ans. Khan a attiré l’attention du FBI environ un mois après les attaques terroristes du 11 septembre 2001 en affirmant avoir des informations sur une visite d’Ayman al-Zawahiri, le bras droit d’Oussama ben Laden, aux Etats-Unis. Malgré le fait que des agents avaient déterminé que l’information de Khan à propos d’al-Zawahiri était fausse, le FBI, qui était dans l’urgence de l’après 11 Septembre pour tisser un réseau de milliers d’informateurs dans les communautés islamiques états-uniennes, le recrutèrent tout de même dans leurs rangs. Avant que Hamid Hayat ne se présente à son procès en 2006, les procureurs fédéraux avaient minimisé les questions sur la crédibilité de Khan, qualifiant son rapport sur al-Zawahiri de cas d’«erreur sur la personne».

Les affirmations de l’informateur accusant Hayat d’être impliqué dans des affaires terroristes ne suffirent pas à elles seules à le condamner. Le gouvernement s’est en effet aussi appuyé sur le fait que, durant un interrogatoire, Hayat avait avoué aux agents du FBI avoir pris part à un camp d’entraînement – bien qu’il eût donné aux agents des informations contradictoires ainsi que différentes localisations pour le camp, dont une en Afghanistan et d’autres au Pakistan. Des confessions recueillies après une garde à vue qui s’était prolongé jusqu’à 3 heures du matin bien que Hayat se plaignait de maux de tête et demandait à rentrer chez lui et à dormir. «J’ai besoin que vous me donniez des détails sur des cibles, sur ce qu’elles ont dit, tout ce que vous savez. J’ai maintenant besoin que votre mémoire vous revienne», l’intimait l’interrogateur. Pour toute réponse, Hayat fut vague: «Comme je l’ai dit, monsieur, vous savez, de grands buildings, vous savez, comme des hôtels, et, vous savez, des immeubles financiers, des banques et, comment on dit, ah, hmm, peut-être, vous savez, euh, des magasins, des magasins.» «Quel type de magasins?» a demandé l’agent. «Des magasins, comme des grandes surfaces, quelque chose dans ce genre.» Pendant ce temps, d’autres agents interrogeaient son père, Umer, qui travaillait comme conducteur de camion à glaces à Lodi, petite ville agraire du nord de la Californie où vivait aussi Hayat. Ils lui ont affirmé que son fils avait admis avoir pris part à un camp d’entraînement, tout en minimisant la gravité de la situation. Un agent lui a laissé entendre que s’il avait rendu visite à son fils dans ce camp d’entraînement cela aurait pareil qu’un parent allant voir son enfant sur son campus universitaire. Umer a donné aux agents du FBI ce qu’ils attendaient, à savoir une description d’un camp d’entraînement truffée de détails fantaisistes – 1’000 combattants portant des masques «comme les Tortues Ninjas» et attaquant des mannequins aux effigies du président George W. Bush, du secrétaire de la Défense Donald Rumsfeld et du secrétaire d’Etat Colin Powell avec des épées. Umer a postérieurement retiré son témoignage, déclarant qu’il s’était inspiré des scènes du film Teenage Mutant Ninja Turtles qu’il avait récemment visionné pour ses descriptions, après que les agents ont refusé de croire qu’il ne s’était jamais rendu dans ledit camp.